Konstytucja RP nie zakłada koncepcji „państwa świeckiego” ani „radykalnego rozdziału” kościołów od państwa, ale rozdział przyjazny, zwany tez separacją skoordynowaną. Ustawa zasadnicza wprowadza zasadę autonomii oraz niezależności kościoła i państwa, a nie oddzielenia kościoła od państwa (co miało miejsce w Konstytucji PRL z 1952 r.) Ponadto w preambule Konstytucji znajduje się odniesienie do wartości religijnych oraz do chrześcijańskiego dziedzictwa Narodu. Natomiast zawarta w ustawie zasadniczej koncepcja bezstronności światopoglądowej władz publicznych nie może oznaczać eliminacji obecności religii w sferze publicznej – w tym w urzędach czy szkołach – gdyż sama Konstytucja zapewnia każdemu swobodę wyrażania swych przekonań religijnym właśnie w życiu publicznym. Konstytucja przyznaje też wyjątkowy status związkom wyznaniowym, co jest konsekwencją ich autonomii oraz niezależności. Wynika to z konieczności zabezpieczenia fundamentalnego prawa człowieka, jakim jest wolność sumienia i religii. Ta konstytucyjna pozycja wspólnot religijnych nie może zostać zmieniona w drodze ustawy zwykłej.

We wspomnianym projekcie znalazły się postulaty mające zapewnić realizację sprzecznej z ustawą zasadniczą koncepcji „świeckości państwa”. Autorzy projektu domagają się m.in. zlikwidowania Funduszu Kościelnego, zaprzestania finansowania składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne duchownych oraz likwidacji wspólnych komisji rządowo–kościelnych. Proponują w zamian ustanowienie jednej komisji złożonej z przedstawicieli rządu, kościołów, związków wyznaniowych oraz organizacji świeckich skupiających agnostyków i ateistów.

Do niekonstytucyjnych propozycji zawartych w projekcie należy przede wszystkim zaprzestanie finansowania ze środków publicznych lekcji religii w szkole. Podobnie jak Konstytucja, Konkordat nakłada na władze publiczne obowiązek organizacji edukacji religijnej – a więc także pokrycia jej kosztów. Prawo do udziału w lekcji religii organizowanej w szkole jest bowiem integralnym elementem wolności religii. Podkreślił to Trybunał Konstytucyjny w 1991 r., gdy stwierdzał zgodność z ówczesnymi przepisami konstytucyjnymi powrotu nauczania religii do szkoły. Co istotne, religię ze szkół usunięto w okresie PRL.

Poważne wątpliwości konstytucyjne budzi również propozycja likwidacji Funduszu Kościelnego (a co za tym idzie zmiany zasad dotyczących ubezpieczeń społecznych duchownych). W tym przypadku znaczenie ma historyczna geneza Funduszu oraz konstytucyjna zasada współdziałania państwa ze związkami wyznaniowymi dla dobra człowieka i dobra wspólnego. Wynika z niej m.in. to, że państwo powinno wspierać działalność społeczną, charytatywną, oświatową czy kulturalną związków religijnych. Co do zasady, postulat likwidacji Funduszu Kościelnego powinien wiązać się z wypracowaniem innych reguł finansowania wspomnianej działalności wspólnot wyznaniowych – zwłaszcza, że Fundusz powstał jako forma rekompensaty za przejęte przez władze komunistyczne nieruchomości kościelne. Ponadto Konkordat powierza wypracowanie porozumienia w sprawie ewentualnych zmian w sposobie finansowania instytucji oraz duchowieństwa Kościoła katolickiego specjalnej bilateralnej komisji (którą autorzy projektu chcą znieść).

„Wspomniane zastrzeżenia, a także niska jakość projektu pod względem legislacyjnym i merytorycznym każą postawić tezę, iż ma on jedynie ideologiczny charakter. Przede wszystkim jednak autorzy projektu zapomnieli, iż w czasie obowiązywania obecnej ustawy zasadniczej wprowadzenie proponowanych przez nich przepisów jest po prostu niezgodne z Konstytucją”

– skomentował Konrad Dyda, ekspert Ordo Iuris.