Przed wojną w Baligrodzie żyło blisko 2 tys. mieszkańców, głównie Żydów, Polaków i Ukraińców. We wrześniu 1939 r. Baligród został zajęty bez walki przez oddziały niemieckie i słowackie. W czasie okupacji istniał tu ruch konspiracyjny w postaci placówki AK Baligród nr VII.

W lecie 1944 r. kierownictwo Organizacji Nacjonalistów Ukraińskich podjęło decyzję o utworzeniu oddziałów UPA na tych terenach. W wydawanych odezwach OUN nakazywała Polakom opuszczenie „terenów ukraińskich” pod groźbą śmierci.

Do pierwszej zbrodni doszło w połowie lipca 1944 r., gdy banderowcy uprowadzili 11 Polaków, mieszkańców pobliskiej Średniej Wsi, których powieszono w pobliżu Baligrodu. Na początku sierpnia został uprowadzony i zamordowany przez UPA jeden z mieszkańców wsi.

Do największej zbrodni doszło w niedzielę 6 sierpnia 1944 r., kiedy do wsi wkroczył oddział Wołodymyra Szczygielskiego „Burłaki”, byłego komendanta posterunku policji ukraińskiej współpracującej z Niemcami. Tego dnia upowcy otoczyli mieszkańców zgromadzonych w kościele, a następnie, korzystając ze sporządzonej wcześniej listy, zatrzymali kilkadziesiąt osób.

W tym samym czasie podzieleni na małe grupy napastnicy zabrali z domów wybranych mężczyzn, kilku zabito w domach. Zebraną grupę Ukraińcy poprowadzili na miejsce egzekucji i rozstrzelali. Zamordowano 42 mężczyzn, najstarszy z nich miał 80 lat. Była to największa masakra polskiej ludności cywilnej w Bieszczadach.

Do kolejnego ataku UPA ba Baligród doszło rok później, 1 sierpnia 1945 r., kiedy banderowcy napadli na posterunek MO. Atak został odparty, ale wycofujący się bandyci spalili część zabudowań.

W 1984 r., w pobliżu cerkwi pw. św. Onufrego w Baligrodzie, postawiono obelisk upamiętniający ofiary mordu.