Józef Stanek przyszedł na świat 6 grudnia 1916 r. w Łapszach Niżnych w Małopolsce, w wielodzietnej rodzinie chłopskiej. Gdy miał 7 lat podczas epidemii tyfusu zmarli jego rodzice, opiekę nad nim przejęło wówczas starsze rodzeństwo.

W 1935 r. po zdaniu matury Collegium Marianum w Wadowicach wstąpił do pallotyńskiego nowicjatu w Sucharach k. Nakła. W 1937 r. rozpoczął studia w Wyższym Seminarium Duchownym Księży Pallotynów w Ołtarzewie, gdzie zastał go wybuch wojny.

We wrześniu 1939 r. wraz z innymi klerykami z seminarium został ewakuowany na wschód przed nadciągającym frontem. Trafił do sowieckiej niewoli, skąd uciekł i wrócił do Ołtarzewa.

W 1941 r. otrzymał święcenia kapłańskie i rozpoczął studia na tajnych kompletach na Wydziale Socjologicznym Uniwersytetu Warszawskiego. W tym czasie związał się z podziemiem niepodległościowym, wstępując w szeregi ZWZ-AK. Jednocześnie pełnił funkcję kapelana Zakładu Sióstr Rodziny Maryi na Koszykach przy ul. Hożej w Warszawie.

Od 1 sierpnia 1944 r. uczestniczył w powstaniu warszawskim. W drugiej połowie sierpnia został skierowany go do pracy kapelańskiej w Zgrupowaniu Armii Krajowej „Kryska”, działającym na odcinku czerniakowskiego Powiśla.

W trudnych warunkach odprawiał nabożeństwa i spowiadał. Nosił rannych, odgrzebywał zasypanych gruzami, podnosił na duchu załamanych mieszkańców. Miał możliwość uratowania swego życia, przeprawiając się pontonem na drugi brzeg Wisły, ale nie skorzystał z niej, odstępując miejsce rannemu powstańcowi.

23 września 1944 r. ks. Stanek brał udział w pertraktacjach z Niemcami w celu uratowania jak największej ilości powstańców. Zatrzymany przez SS w charakterze zakładnika był torturowany i jeszcze tego samego dnia został powieszony, wedle niektórych źródeł na własnej stule...

W 1945 zwłoki ks. Stanka ekshumowano i złożono w zbiorowej mogile przy ul. Solec w Warszawie. Rok później przeniesiono je na Cmentarz Powązkowski, a w 1987 r. złożono w kwaterze zgrupowania AK „Kryska” znajdującej się na tym cmentarzu.

W 1999 r. został ogłoszony przez papieża Jana Pawła II błogosławionym w gronie 108 męczenników II wojny światowej.

W 2004 r. błogosławionego pallotyna ustanowiono patronem kaplicy w Muzeum Powstania Warszawskiego.