Oddziały Wehrmachtu wkroczyły do Krakowa 6 września 1939 r. Tydzień później w mieście pojawił się oddział Einsatzgruppe I, będący częścią specjalnej grupy operacyjnej niemieckiej służby bezpieczeństwa i policji bezpieczeństwa. Jej zadaniem było „zwalczanie wszystkich wrogich Rzeszy i Niemcom elementów na tyłach walczących wojsk”.

Od pierwszych dni okupacji mieszkańcy Krakowa poddani byli brutalnemu terrorowi. Był on wymierzony w pierwszym rzędzie w przedstawicieli polskiej elity intelektualnej, ludność żydowską oraz osoby w powiązane z ruchem oporu. Zatrzymani trafiali przede wszystkim do więzienia śledczego na Montelupich oraz zakładu karnego św. Michała przy ul. Senackiej.

Część spośród aresztowanych wysłano do niemieckich obozów koncentracyjnych, gdzie wielu z nich zamordowano. Miejsca, w których Niemcy dokonywali zbiorowych egzekucji to m.in. podkrakowskie Przegorzały oraz Puszcza Niepołomicka. W pierwszych latach okupacji głównym miejscem straceń więźniów politycznych z Krakowa był dawny Fort 49 „Krzesławice”.

Zbudowany przez Austriaków na przełomie XIX i XX w. fort artyleryjski był elementem pierścienia fortyfikacji Twierdzy Kraków. W okresie międzywojennym należał do Wojska Polskiego i pełnił funkcję magazynową. Na początku II wojny światowej przejęli go Niemcy i wywieźli z niego całą zgromadzoną amunicję.

Znajdujący się 13 kilometrów na północny-wschód od centrum Krakowa fort położony był z dala od osiedli ludzkich. Zamaskowany przed przypadkowymi świadkami był idealnym miejscem do przeprowadzenia eksterminacji polskich więźniów. Pierwsza zbiorowa egzekucja miała się tam odbyć w dniu 11 października 1939 r. W trakcie kolejnej, przeprowadzonej 15 listopada, Niemcy rozstrzelali 15 osób, w tym trzy kobiety.

W przeddzień egzekucji, zazwyczaj w godzinach popołudniowych, Niemcy wybierali ok. 25 więźniów i pod eskortą zawozili do fortu, gdzie zmuszali ich do kopania grobów. O świcie następnego dnia wyprowadzali z cel śmierci grupy skazańców i samochodami ciężarowymi wieźli na miejsce stracenia. Na miejscu mordowano ich nad skrajem przygotowanych uprzednio grobów, zazwyczaj strzałem w tył głowy.

Wśród ofiar znaleźli się przedstawiciele tzw. polskiej warstwy przywódczej, działacze polskiego podziemia, oficerowie rezerwy, nauczyciele, urzędnicy, a także uciekinierzy schwytani na granicy ze Słowacją. Rozstrzeliwano też uczniów, studentów, robotników i chłopów. Obok mieszkańców Krakowa i okolicznych miejscowości w forcie ginęły również osoby pochodzące z innych regionów Polski.

Przyjmuje się, że akcja eksterminacyjna w forcie Krzesławice trwała od jesieni 1939 do listopada 1941 r. Jej największe nasilenie przypadło na lato 1940 r., kiedy to Niemcy realizowali plan eksterminacji polskiej inteligencji w ramach akcji AB.

W trakcie przeprowadzonej pod koniec 1945 r. ekshumacji w 29 grobach odnaleziono 440 zwłok, zidentyfikowano 182. Szczątki ofiar przeniesiono do zbiorowej mogiły na zapolu fortu. W latach 50. XX w. w miejscu straceń powstał pomnik-mauzoleum ku czci ofiar.