Jan Wagner urodził się 10 kwietnia 1892 r. we wsi Piasek koło Pszczyny na Śląsku. Pierwsze nauki pobierał w miejscowej szkole w Pszczynie i w Małym Seminarium Księży Misjonarzy (lazarystów) w Krakowie. W 1910 r. wstąpił do Zgromadzenia Księży Misjonarzy, dwa lata później złożył śluby zakonne.

W latach 1914–1919 odbył studia w Instytucie Teologicznym Zgromadzenia Księży Misjonarzy w Krakowie. W międzyczasie był powoływany do armii niemieckiej. Święcenia kapłańskie przyjął w czerwcu 1919 r.

Początkowo pracował jako wikariusz i katecheta w Jezierzanach koło Borszczowa. Po przeniesieniu do Pabianic w 1926 r. był prefektem gimnazjum żeńskiego i seminarium nauczycielskiego. Kierował tu Stowarzyszeniem Młodzieży Żeńskiej, Sodalicją Mariańską, a także Stowarzyszeniem Niemców-Katolików.

Od 1933 r. był proboszczem parafii Najświętszej Maryi Panny w Pabianicach i superiorem tamtejszego domu misjonarskiego. W 1937 r. otrzymał nominację na superiora misjonarzy i proboszcza parafii św. Wincentego a Paulo w Bydgoszczy.

Kontynuował budowę kościoła oraz zabiegał o ożywienie życia religijnego parafii. Prowadził działalność misyjną w całej Polsce. Pełnił funkcję wizytatora nauki religii w szkołach powszechnych dekanatu bydgoskiego miejskiego.

Po zajęciu Bydgoszczy przez Niemców został aresztowany 8 września 1939 r. Przetrzymywano go w koszarach przy ul. Gdańskiej. Został rozstrzelany 1 listopada 1939 r. podczas zbiorowej egzekucji w Lesie Gdańskim pod Bydgoszczą. Po ekshumacji w 1947 r. szczątki kapłana pochowano na Cmentarzu Bohaterów Bydgoszczy na Wzgórzu Wolności.

Ks. Jan Wagner jest jednym z 122 Sług Bożych, wobec których trwa proces beatyfikacyjny drugiej grupy męczenników z okresu II wojny światowej.