Franciszek Rogaczewski urodził się 23 grudnia 1892 r. we wsi Lipinki na Kujawach. Od 1894 r. mieszkał z rodziną i wychowywał się w Lubichowie koło Starogardu Gdańskiego. Tutaj ukończył szkołę podstawową, a następnie uczęszczał do Collegium Marianum w Pelplinie oraz do Gimnazjum im. Mikołaja Kopernika w Chełmnie.

W 1913 r. wstąpił do seminarium duchownego w Pelplinie. Studia filozoficzno-teologiczne musiał przerywać ze względu na obowiązkową służbę wojskową w armii niemieckiej. Był sanitariuszem w szpitalach w Stargardzie, Kwidzynie i Olsztynie. W 1918 r. ukończył seminarium i przyjął święcenia kapłańskie.

Posługę kapłańską jako wikariusz rozpoczął w Nowym Mieście Lubawskim. W kolejnych latach pracował w parafii Serca Jezusowego w Gdańsku-Wrzeszczu oraz w gdańskich parafiach: św. Brygidy i św. Józefa. Pełnił także obowiązki katechety w miejscowym Gimnazjum Polskim Macierzy Szkolnej.

W styczniu 1930 r. został mianowany rektorem z tytułem proboszcza powstającego kościoła pw. Chrystusa Króla. Konsekrowana w październiku 1932 r. świątynia stała się w następnych latach jednym z najważniejszych ośrodków życia religijnego i społecznego gdańskiej Polonii.

Był założycielem wielu stowarzyszeń o charakterze religijnym oraz społeczno-politycznym. W listopadzie 1924 r. powołał wraz z grupą polskich księży Ligę Katolicką. Był członkiem zarządu i wiceprezesem Macierzy Szkolnej. Z jego inicjatywy, tylko w przeciągu jednego roku pracy w kościele św. Brygidy, powstało około 30 stowarzyszeń kościelnych, w tym orkiestra i chór. Organizował też pielgrzymki, był kapelanem kolejarzy i pocztowców.

Był orędownikiem sprawy polskiej na terenach znajdujących się pod wpływami niemieckimi. Organizował polskie wystawy, działał w Zarządzie Gminy Polskiej, a od 1934 r. sprawował funkcję prezesa w Centralnym Komitecie Katolików Polaków Diecezji Gdańskiej. W czasie wyborów do parlamentu Wolnego Miasta Gdańska agitował na rzecz polskich kandydatów.

Już pierwszego dnia wojny, rankiem 1 września 1939 r., ks. Rogaczewski został aresztowany i osadzony w przejściowym więzieniu dla gdańskich Polaków Victoriaschule, gdzie przez całą noc słuchał spowiedzi i udzielał uwięzionym absolucji.

Następnego dnia został wysłany w pierwszym transporcie do niemieckiego obozu koncentracyjnego Stutthof. Znalazł się w grupie polskich kapłanów, których esesmani traktowali najbardziej brutalnie i kierowali do najcięższych prac.

Oskarżony o gromadzenie broni i przygotowywanie kościoła do obrony nie ugiął się pod groźbą rozstrzelania i nie potwierdził fałszywych zarzutów, za co został skazany na trzydniowy pobyt w bunkrze. Upokarzany, nękany psychicznie i fizycznie, niósł pomoc i dodawał otuchy współwięźniom.

Na krótko przed egzekucją powiedział do swojego wikariusza, razem z nim uwięzionego: „Wiesz, czuję, że zginę, powiedz moim ukochanym wiernym w kościele Chrystusa Króla, że chętnie oddam swe życie za Chrystusa i Ojczyznę”.

11 stycznia 1940 r. ks. Franciszek Rogaczewski został rozstrzelany w grupie wybitnych gdańskich działaczy w lesie położonym niedaleko obozu. Jego ciało zakopano w zbiorowym grobie nieopodal miejsca egzekucji.

W maju 1979 r. w toku prac Okręgowej Komisji Badania Zbrodni Hitlerowskich szczątki pomordowanych zostały ekshumowane. Prochy kapłana sprowadzono do Lubichowa i pochowano w grobowcu rodziców.

W 1999 r. papież Jan Paweł II wyniósł ks. Franciszka Rogaczewskiego na ołtarze jako błogosławionego wraz ze 108 męczennikami polskimi czasu wojny.

Ulica w Gdańsku, przy której znajduje się kościół Chrystusa Króla, nosi jego imię. We frontową ścianę kościoła wmurowano upamiętniające go epitafium.