22 czerwca 1941 r. Niemcy dokonały agresji zbrojnej na Związek Radziecki. Dzień później władze sowieckie zarządziły natychmiastową ewakuację ponad 40 tys. polskich więźniów przebywających w więzieniach NKWD na terenie zachodniej Białorusi i Ukrainy.

 

Dwa dni później szef NKWD Ławrientij Beria polecił rozstrzelać wszystkich więźniów, w odniesieniu do których toczyło się śledztwo oraz skazanych za „działalność kontrrewolucyjną”, „sabotaż gospodarczy”, „dywersję” i „działalność antysowiecką”. Chodziło o niedopuszczenie do sytuacji, w której więźniowie polityczni zostaliby przechwyceni przez wkraczających Niemców.

 

Największej masowej zbrodni NKWD dokonało w więzieniach we Lwowie, m.in. w tzw. Brygidkach, gdzie więźniów wyciągano z cel i ustawiano przed lufami karabinów maszynowych. Wycofujących się do cel i barykadujących drzwi mordowano granatami wrzucanymi przez okna.

 

W „Brygidkach” egzekucje zagłuszano włączonymi silnikami samochodów. W więzieniu na ul. Łąckiego więźniów dodatkowo torturowano i okaleczano. Mord trwał przez kilka dni aż do 29 czerwca, gdy sowieci zaczęli opuszczać miasto. Liczbę ofiar masakr we lwowskich więzieniach szacuje się na ok. 4 tys.

 

Sytuacja wyglądała podobnie w innych miastach na Kresach. W więzieniu w Łucku sowieccy oprawcy zmasakrowali więźniów na podwórzu więziennym, strzelając z karabinów maszynowych i rzucając granaty; w ten sposób zamordowali ponad 2 tys. Ukraińców i Polaków.

 

W większości likwidowanych więzień egzekucji dokonywano rozstrzeliwując w piwnicach, celach, na dziedzińcach. Czasami stosowano jednak bardziej „wyszukane” metody. Tak było w miejscowości Dobromil na terenie dzisiejszej Ukrainy, gdzie więźniowie ginęli od uderzeń żelaznym młotem w tył głowy. Ciała zabitych wywożono do pobliskiej warzelni soli w Lacku-Salinie i wrzucano do szybu.

 

W Oleszycach k. Lubaczowa, więźniów przetrzymywanych tam w zamku Sapiehów, spalono. W Ber­dy­czo­wie część osadzonych zo­sta­ła wy­sa­dzo­na przez NKWD wraz z bu­dyn­kiem. We wszystkich tych miejscach bezwzględnie unicestwiano tylko więźniów politycznych. Przestępców pospolitych z reguły zwalniano.

 

Liczne ofiary pociągnęły też za sobą same ewakuacje, zwłaszcza piesze. W cza­sie for­sow­nych, wielokilometrowych mar­szów mor­do­wa­no opa­da­ją­cych z sił, niedokarmionych i odwodnionych więźniów. Tak było podczas ewakuacji więzienia w Mińsku, w czasie której z kilkunastu tysięcy prowadzonych więźniów przeżyło kilkudziesięciu. Tra­sę Mińsk – Cze­rwień miej­sco­wa lud­ność na­zwa­ła „dro­gą śmier­ci”.

 

Szacuje się, że w czerwcu i lipcu 1941 r. z rąk oprawców z NKWD mogło ponieść śmierć nawet 30 tys. więźniów. Większość śledztw w sprawie zbrodni, prowadzonych przez Komisję Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu, została umorzona z powodu niewykrycia sprawców przestępstw.