Fundacji Pro Civili powstała w 1994 r. z kapitałem założycielskim wynoszącym 300 tys. złotych. W założeniu miała pomagać osobom, które poniosły szkodę, broniąc bezpieczeństwa państwa. Według raportu Antoniego Macierewicza z likwidacji WSI jej założycielami byli Austriacy: Anton Wolfgang Kasco, poszukiwany listem gończym za malwersacje finansowe w spółce Advantage, oraz Patryk Manfred Holletschek, twórca pierwszej w Polsce piramidy finansowej Global System, aresztowany przez policję w 1998 roku. Działania fundacji miały być koordynowane przez funkcjonariuszy WSI, którzy w ten sposób drenowali państwo z wielkich sum pieniędzy i pomagali je infiltrować obcym służbom. Jej przykład pokazuje, jak można wykorzystywać fundacje do przestępczych celów.

Wojciech Sumliński w książce: „Niebezpieczne związki Bronisława Komorowskiego” dotarł do funkcjonariuszy Centralnego Biura Śledczego, którzy prowadzili śledztwo w tej sprawie. Autor twierdzi, że Fundacja rozpoczęła działalność od reprezentowania w Polsce austriackich firm ubezpieczeniowych. Pierwsze z oszustw, jakich się dopuściła, odbyło się przy współpracy z Fundacją „Dziecko Warszawy”. Pro Cyvili trudniła się wyłudzaniem podatku VAT, co robiła przy pomocy utworzenia kilkudziesięciu firm powiązanych osobowo i kapitałowo z „Pro Civili”, w tym między innymi: „Pro Civili Leasing”, „Olbart”, „Glicor”, „Sicura”, „Adar”, „Ortis” i wiele innych. Fundacja zawierała z nimi setki fikcyjnych umów na sprzedaż i leasing nieistniejących produktów, maszyn rolniczych, samochodów czy systemów komputerowych o wartości od setek tysięcy do kilkunastu milionów złotych każdy.

Jako przykład tego typu działań CBŚ wymienił współpracę Fundacji ze spółką Ortis. Pro Civili kupowała od niej sprzęt rolniczy, a następnego dnia sprzęt odsprzedawała spółce, a ta sprzedawała go kolejnym spółkom-krzakom. Wszystko działo się oczywiście tylko na fakturach. Taki sam proceder dotyczył handlu systemami komputerowymi. Fundacja handlowała m.in. UNIMED, programem przeznaczonym do zarządzania dużymi jednostkami w służbie zdrowia. Pro Civili podpisała z Fundacją Rozwoju Integracji Dzieci trzy umowy leasingu programu UNIMED o łącznej wartości ośmiu milionów złotych. Problem w tym, że żadnego programu nie było.

Zdaniem CBŚ Fundacja działała pod ścisłym nadzorem Ministerstwa Obrony Narodowej. Wojciech Sumliński ujawnił głębokie związki Bronisława Komorowskiego, ówczesnego ministra obrony narodowej, z Pro Cyvili. Komorowski miał m.in. forsować na siłę rozwiązania, które służyły jedynie fundacji Pro Cyvili. CBŚ ujawniło, że Wojskowe Służby Informacyjne, które odpowiadały za kontrwywiadowczą osłonę technologii rozwijanych w ramach projektów badawczych na Wojskowej Akademii Technicznej, same przekazały je w obce ręce.

Pro Civili współpracowała blisko także z gangsterami. Osobą z mafii pruszkowskiej, związaną szczególnie z Fundacją Pro Civili był Jarosław Sokołowski ps. „Masa”, który zatrudnił Roberta Eckerta z Pro Civili, a ten zatrudnił kolejne osoby z Fundacji. Warszawski klub Planete był częścią łączącą mafię pruszkowską i Fundacją Pro Civili. Formalnym właścicielem klubu była firma Mekka, należąca do Susan Tonuzi, Amerykanki, żony Andreasa Edlingera przedstawiciela włoskiej mafii w Polsce.

Fundacja Pro Civili sprzedawała też samochody z firmy Sobiesława Zasady do Ministerstwa Obrony Narodowej. Stwierdzono to podczas kontroli Urzędu Skarbowego, wszczętej po informacji o sprzedaży i leasingu przez Fundację programów komputerowych, które nie istniały. Wyszły wtedy na jaw dokumenty wskazujące na powiązania Fundacji Pro Civili z firmą Mekka, z której w oparciu o umowę leasingową wpływały do Fundacji pieniądze „Masy”, które następnie prano. Pod wpływem gróźb skierowanych wobec kontrolerki Urzędu Skarbowego działania kontrolne wstrzymano, a najważniejsze dokumenty zniknęły.

Szwajcarscy prokuratorzy stwierdzili istnienie ponad trzydziestu rachunków w Cottbus Banku i Banku EFG w Zurychu, przez które transferowano pieniądze na łapówki dla polityków i innych osób wspierających działalność Fundacji Pro Civili. Łącznie było to ponad pięćdziesiąt milionów franków szwajcarskich. Wszystkie postępowania karne dotyczące działalności Fundacji Pro Civili zostały umorzone. Dokumenty przedstawione przez Wojciecha Sumlińskiego wskazują na to, że stało się tak dzięki protekcji ludzi z najwyższych stanowisk w MON. Twierdzi on także, że Pro Cyvili zlecała zabójstwa osób, które próbowały przeszkodzić jej w działaniu.